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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
23/02/2018 |
Data da última atualização: |
28/02/2018 |
Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
Autoria: |
ALKIMIM, E. R. |
Título: |
Diversidade genética, ganhos com seleção e seleção genômica ampla na espécie Coffea canephora. |
Ano de publicação: |
2017 |
Fonte/Imprenta: |
2017. |
Páginas: |
105 f. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Tese (Doctor Scientiae) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, MG. Orientadora: Eveline Teixeira Caixeta; Coorientador: Marcos Deon Vilela de Resende. |
Conteúdo: |
A presença de variabilidade genética associada a estratégias mais eficientes de seleção são imprescindíveis para se obter sucesso nos programas de melhoramento. Nesse sentido, o uso de marcadores moleculares em estudos de diversidade, bem como a seleção baseada em dados fenotípicos por meio do uso de procedimentos genético-estatísticos mais refinados têm se mostrado ferramentas úteis nos programas de melhoramento. Além disso, com o avanço das plataformas de NGS (Next Generation Sequencing), um novo método de seleção, que visa utilizar dados fenótipos e moleculares, denominado Seleção Genômica Ampla foi proposto. O objetivo do trabalho foi identificar marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) e validá-los em estudos de diversidade genética; estimar os parâmetros genéticos e os ganhos com a seleção utilizando a metodologia de modelos mistos (REML/BLUP); aplicar o princípio da GWS (Genome Wide Selection) e avaliar sua eficiência em população de C. canephora. A população em estudo, inicialmente, foi composta por 72 genótipos nos quais os marcadores SNP foram identificados e validados. A seleção fenotípica, por meio do procedimento REML/BLUP, foi realizada em 192 genótipos de cafeeiros. Por fim, a população avaliada por meio da GWS foi composta por 165 genótipos. Utilizando a plataforma de sequenciamento da empresa RAPiD Genomics foram identificados 117.450 SNP em 72 indivíduos de C. canephora. Após análises de qualidade, 33.485 SNP foram selecionados e validados em análises de diversidade e estrutura genética de populações. Os marcadores foram eficientes na avaliação da diversidade e estrutura genética de C. canephora e com base em nessas análises foi possível selecionar possíveis cruzamentos promissores dentro e entre os grupos varietais e Híbridos geneticamente mais distantes. Com base nas análises utilizando o método REML/BLUP foi possível selecionar genótipos Conilon e Robusta promissores por serem geneticamente divergentes pela análise de agrupamento e por proporcionarem ganhos elevados com a seleção. Estes podem ser intercruzados para obter cultivares dentro de cada grupo varietal e/ou como genitores em cruzamentos interpopulacionais. Além disso, foi possível selecionar famílias híbridas que se destacaram nas análises. Estas podem ser testadas em diferentes regiões e as promissoras utilizadas como variedade propagada por semente. As famílias híbridas selecionadas podem também ser intercruzadas (cruzamento intrapopulacional) para avanço da seleção recorrente. Por fim, a GWS mostrou-se ferramenta útil para o melhoramento de C. canephora, por predizer com alta acurácia os valores genéticos genômicos dos indivíduos e possibilitar a redução no tempo necessário para completar o ciclo de seleção, proporcionando ganhos significativos em eficiência seletiva por unidade de tempo. MenosA presença de variabilidade genética associada a estratégias mais eficientes de seleção são imprescindíveis para se obter sucesso nos programas de melhoramento. Nesse sentido, o uso de marcadores moleculares em estudos de diversidade, bem como a seleção baseada em dados fenotípicos por meio do uso de procedimentos genético-estatísticos mais refinados têm se mostrado ferramentas úteis nos programas de melhoramento. Além disso, com o avanço das plataformas de NGS (Next Generation Sequencing), um novo método de seleção, que visa utilizar dados fenótipos e moleculares, denominado Seleção Genômica Ampla foi proposto. O objetivo do trabalho foi identificar marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) e validá-los em estudos de diversidade genética; estimar os parâmetros genéticos e os ganhos com a seleção utilizando a metodologia de modelos mistos (REML/BLUP); aplicar o princípio da GWS (Genome Wide Selection) e avaliar sua eficiência em população de C. canephora. A população em estudo, inicialmente, foi composta por 72 genótipos nos quais os marcadores SNP foram identificados e validados. A seleção fenotípica, por meio do procedimento REML/BLUP, foi realizada em 192 genótipos de cafeeiros. Por fim, a população avaliada por meio da GWS foi composta por 165 genótipos. Utilizando a plataforma de sequenciamento da empresa RAPiD Genomics foram identificados 117.450 SNP em 72 indivíduos de C. canephora. Após análises de qualidade, 33.485 SNP foram selecionados e validados em análise... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Gnômica; Melhoramento genético; REML/BLUP. |
Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador genético. |
Thesaurus Nal: |
Genome; Plant breeding. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
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Registros recuperados : 18 | |
2. | | ALKIMIM, E. R.; SOUSA, T. V.; SILVA, F. L. da; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. Identificação e validação de marcadores SNP em Coffea canephora usando sequenciamento de nova geração. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 552Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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4. | | CAIXETA, E. T.; RESENDE, M. D. V. de; ALKIMIM, E. R.; SOUSA, T. V.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ALVES, R. S. Aceleração do melhoramento do cafeeiro via seleção genômica: agilidade e eficácia no lançamento de novas cultivares. Brasília, DF: Embrapa Café, 2022. 54 p. PDF. (Embrapa Café. Documentos, 17). Projeto SI04 - Genotipagem e seleção genômica em populações de melhoramento de Coffea arabica.Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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5. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. L. da; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L. Selective efficiency of genome-wide selection in Coffea canephora breeding. Tree Genetics & Genomes, v. 16, n. 3, p. 1-11, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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6. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Caracterização molecular de cultivares de café resistentes à ferrugem. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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7. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Molecular markers useful to discriminate Coffea arabica cultivars with high genetic similarity. Euphytica, v. 213, n. 3, March, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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8. | | OLIVEIRA, G. F.; MIRANDA, T. L. R.; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T.; SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; SILVA, F. L. da. Discrimination of varietal groups and hybrids of coffea canephora species using multivariate analysis. Revista Brasileira de Biometria, v. 39, n. 1, p. 194-201, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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9. | | SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; RODRIGUES, H. S.; LELIS, D. T.; SILVA, F. L. da; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. Diversidade genética e seleção de genitores de Coffea canephora por meio de marcadores moleculares. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 54Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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10. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L.; RESENDE, M. D. V. de. Early Selection Enabled by the Implementation of Genomic Selection in Coffea arabica Breeding. Frontiers in Plant Science, v. 9, January 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Florestas. |
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11. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Marker-assisted selection provides arabica coffee with genes from other Coffea species targeting on multiple resistance to rust and coffee berry disease. Molecular Breeding, v. 37, n. 6, p. 1-10, jan. 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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12. | | SOUSA, T. V.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. Estrutura de populações e diversidade genética de Coffea arabica analisadas por marcadores moleculares SNP. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 533Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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13. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R. de; ZAMBOLIM, L. Population structure and genetic diversity of coffee progenies derived from Catuaí and Híbrido de Timor revealed by genome-wide SNP marker. Tree Genetics & Genomes, v. 13, n. 6, Dec. 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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14. | | RESENDE, M. D. V. de; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; SOUSA, T. V.; PEREIRA, A. A.; ALVES, R. S.; AZEVEDO, C. F. Tamanho amostral e detecção de genes via GWAS em características quantitativas do cafeeiro. Brasília, DF: Embrapa Café, 2022. 23 p. (Embrapa Café. Circular técnica, 7).Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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15. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Seleção assistida por marcadores moleculares para resistência à ferrugem do cafeeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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16. | | SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; BARREIRO, P. R. R. M.; LEICHTWEIS, B. G.; SILVA, A. C. A.; SILVA, R. A. da; SOUSA, T. V.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T. Genome-wide association study of plant architecture and diseases resistance in Coffea canephora. Euphytica, v. 218, jun. 2022. 13 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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17. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; GOIS, I. B.; SILVA, F. L. da; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L.; ALVES, R. S.; RESENDE, M. D. V. de. Designing the best breeding strategy for Coffea canephora: Genetic evaluation of pure and hybrid individuals aiming to select for productivity and disease resistance traits. Plos One, v. 16, n. 12, e0260997, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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18. | | SOUSA, I. C. de; NASCIMENTO, M.; SANT’ANNA, I. de C.; CAIXETA, E. T.; AZEVEDO, C. F.; CRUZ, C. D.; SILVA, F. L. da; ALKIMIM, E. R.; NASCIMENTO, A. C. C.; SERÃO, N. V. L. Marker effects and heritability estimates using additive-dominance genomic architectures via artificial neural networks in Coffea canephora. Plos One, v. 17, n.1, e0262055, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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